La Universidad Mayor, Real y Pontificia de San francisco Xavier de Chuquisaca, se funda un 27 de marzo de 1624, ante el clamoroso pedido que hacen los españoles y los criollos del Alto Perú, que deseaban evitar la peligrosa odisea que significaba enviar a sus hijos hasta la madre patria, para seguir estudios en las famosas Universidades de Salamanca y de Alcalá de Henares. Las primeras Carreras creadas en la Universidad de San Francisco Xavier de Chuquisaca, fueron las de Teología, que formaba sacerdotes y la de Derecho que preparaba Abogados.

Desde comienzos del presente siglo, se hizo imperativo, la creación de facultades de economía, que van surgiendo en varias universidades europeas y americanas, siendo así, que en la cuarta década, comienzan las inquietudes tendientes a la fundación de una Facultad de Economía en la Universidad de San Francisco Xavier de Chuquisaca, que en su larga trayectoria ha procurado llenar sus altas funciones educativas, culturales y de servicio al país, según surgían nuevas y crecientes necesidades, cuando no sentidas inquietudes y aspiraciones de la colectividad, provisoriamente señaladas por ciudadanos ilustres.

Es así, que el 5 de enero de 1938, el Sr. René Calvo Ponce, presentó al entonces Rector de la Universidad Dr. Aniceto Solares, un proyecto destinado a la creación de un curso Comercial de sentida necesidad y que habría de permitir la profesionalización de cientos de jóvenes en el campo de las ciencias económicas y comerciales.

A comienzos del año Académico de 1941, el rector Dr. Aniceto Solares en sesión del 27 de enero, sometió a consideración de los vocales del Honorable Consejo Universitario, el Proyecto de Creación de la facultad de Ciencias Económicas, que ya contaba con un adecuado financiamiento.

Luego de un amplio intercambio de ideas, el Honorable Consejo Universitario, decidió nombrar una comisión especial, para estudiar los detalles del proyecto. Esta comisión, elevó ante el Honorable Consejo Universitario, un informe que luego de varias consideraciones y fundamentaciones sociales y prácticas recomendó la creación del Instituto, aunque dentro de condiciones más restringidas, por razones especialmente de tipo económico.

El Honorable Consejo Universitario, en su sesión de 23 de abril de 1941, tomó conocimiento del informe de la Comisión, el mismo que fue aprobado, junto a los planes de Estudio y reglamento de la Unidad Académica que vendrían a denominarse Escuela Superior de Comercio.

La Escuela en sus comienzos, no dispuso de local propio. Las Primeras clases fueron dictadas en el aula de matemáticas de la Escuela Nacional de Maestros. Ya convertida la Escuela en Facultad, fue trasladada al edificio Central de la Universidad, una vez que la Facultad de Derecho dispuso de su propio local.

En 1951 fue fundado el Instituto de Economía y Finanzas sobre cuya base actualmente funciona el Instituto de Investigaciones Contables y el primer número de la Revista de la Facultad.

El 21 de agosto de 1971, a raíz de la Revolución militar del coronel Hugo Banzer Suárez, se cierra la Universidad hasta noviembre de 1972. En 1973 se oferta las Carreras de Auditoria y Administración de Empresas, por primera vez, La Facultad de Ciencias Económicas, Financieras y Administrativas contaba con tres carreras: Auditoria, Economía y Administración de Empresas; las mismas que funcionaron en forma independiente hasta el año 1996, en el que la carrera de Auditoria fue elevada a rango de Facultad para posteriormente, mediante Resolución Rectoral Nº 003/98 de 29 de enero de 1998, ratificada mediante Resolución del Honorable Consejo Universitario No. 25/2001 en base a recomendación de la reunión sectorial efectuada el año 1997 en la ciudad de Santa Cruz de la Sierra, se cambió la denominación a Facultad de Contaduría Pública con el consiguiente cambio de nombre en el Diploma Académico de Licenciado en Auditoria por el de Licenciado en Contaduría Pública y el de Provisión Nacional de Auditor Financiero por el de Contador Público Autorizado (CPA); lo que determinó la aprobación de un nuevo plan de estudios que responda al perfil profesional del futuro CPA, buscando una formación integral del mismo.

Posteriormente, mediante Resolución N° 077/2002 del Honorable Consejo Universitario de 28 de noviembre del año 2002 se crea la Carrera de Administración Financiera, permitiendo a la Facultad de Contaduría Pública ofertar dos carreras: de Contaduría Pública y Administración Financiera como respuesta al encargo social del mundo globalizado de la Contabilidad y las Finanzas.

Finalmente, producto de la Sectorial de Facultades y Carreras de Contaduría Pública del Sistema de la Universidad Boliviana, desarrollada en nuestra ciudad en el mes de mayo del año 2004 se reconoce la denominación de la Facultad de Contaduría Pública y Ciencias Financieras, misma que es reconocida en la Conferencia Nacional de Universidades efectuada en la ciudad de Cochabamba en el mes de octubre del mismo año.